Przed wejściem do pomieszczenia aparatu MR zostaniecie Państwo poproszeni o pozostawienie wszelkich metalowych przedmiotów oraz urządzeń elektronicznych w szatni lub pod opieką osoby towarzyszącej. Mogą też być Państwo poddani skanowaniu wykrywaczem metalu. Panie proszone są o niestosowanie silnego makijażu ponieważ substancje zawarte w kosmetykach mogą powodować artefakty i obniżać jakość badania. Następnie pacjent wprowadzany jest do pomieszczenia z aparatem i układany na specjalnym łóżku. Po ułożeniu umieszcza się nad badaną okolicą cewkę pozwalającą na dokładniejszy odbiór sygnału wysyłanego z głębi ciała pacjenta, dlatego doskonałej jakości obrazy można uzyskać tylko przy ich zastosowaniu.
Podczas wykonywania badania pacjent leży w środku otworu tunelu skanera MRI (nie jest to ani niebezpieczne ani 
bolesne). Dla podniesienia komfortu badania wewnątrz tunelu zainstalowane jest dodatkowe oświetlenie, oraz klimatyzacja, a w budowie niektórych cewek stosowane są układy luster, umożliwiające pacjentowi patrzenie na zewnątrz magnesu. Jednakże, jeżeli pacjenci nie lubią poczucia „zamknięcia” lub cierpią ze względu na klaustrofobię, pomocne może być, po konsultacji z lekarzem, przyjęcie łagodnego środka uspakajającego. Znajdujący się wewnątrz magnesu pacjent cały czas ma kontakt z personelem (poprzez mikrofon i włącznik przywołania technika). W pomieszczeniu, gdzie odbywa się badanie temperatura wynosi ok 20 stopni. Każda sekwencja MRI trwa od 3 do 10 minut (podczas badania takich sekwencji jest kilka). W tym czasie pacjent słyszy pukający dźwięk o natężeniu podobnym do wirującej pralki i metaliczny dźwięk podobny do wiercenia w metalu. Ten hałas trwa kilka do kilkunastu minut, potem zanika, by po pewnym czasie pojawić się ponownie. Jest związany z prawidłowym działaniem urządzenia i nie powinien wywoływać lęku. Na czas badania pacjent ma zakładane słuchawki tłumiące hałas. Jeżeli konieczne jest wykonanie kilku obrazów, stół automatycznie będzie przesunięty na odpowiednią pozycję. Pacjent powinien nadal trwać w bezruchu jak długo jest to możliwe. W zależności od typu badania, całkowita procedura może trwać od 20 do 60 minut.
Zastosowanie środka kontrastującego
Część badań wymaga dożylnego podania kontrastu. Decyzje o podaniu środka kontrastowego podejmuje lekarz kierujący na badanie lub (na miejscu w pracowni) lekarz radiolog. W takim wypadku przed badaniem zostanie założony wenflon do jednej z żył przedramienia przez panią pielęgniarkę. Stosowany w badaniach rezonansu magnetycznego kontrast oparty jest na pierwiastkach ziem rzadkich, mających właściwości paramagnetyczne. Środek ten jest bardzo dobrze tolerowany przez pacjentów. Środki te są tak bezpieczne, że mogą być stosowane nawet u pacjentów z reakcją alergiczną na kontrast stosowany w badaniach rentgenowskich. Środki kontrastowe przeznaczone do badań MR nie wchodzą w interakcje z innymi lekami i wydalane są w postaci niezmienionej głównie przez nerki.